Ну тут всё просто! вынесите блокКод
<div class = "rega">Скачивание файлов без ограничений и рекламы доступно только зарегистрированным пользователям.</div>
Из дива
Код
<div style="display:none" id="timer_2">
и будет вам счастье
Код
<div class = "donwload_file">
<?if($USER_LOGGED_IN$)?>
<?if($FILE_URL$)?><a class="hvr hvr-bounce-to-bottom" href="$FILE_URL$"><i class="fa fa-download" aria-hidden="true"></i> Скачать с сервера ($FILE_SIZE$)</a><?endif?>
<?if($RFILE_URL$)?><a class="hvr hvr-bounce-to-bottom" href="$RFILE_URL$" target="_blank"><i class="fa fa-download" aria-hidden="true"></i> Скачать удаленно ($RFILE_SIZE$)</a><?endif?>
<?else?>
<div id="timer_1" >
<div class = "timer">
Ссылка на скачивание будет доступна через <span id="timer_num"></span> сек.
</div>
</div>
<div style="display:none" id="timer_2">
<?if($FILE_URL$)?><a class="hvr hvr-bounce-to-bottom" href="$FILE_URL$"><i class="fa fa-download" aria-hidden="true"></i> Скачать с сервера ($FILE_SIZE$)</a><?endif?>
<?if($RFILE_URL$)?><a class="hvr hvr-bounce-to-bottom" href="$RFILE_URL$" target="_blank"><i class="fa fa-download" aria-hidden="true"></i> Скачать удаленно ($RFILE_SIZE$)</a><?endif?>
</div>
<div class = "rega">Скачивание файлов без ограничений и рекламы доступно только зарегистрированным пользователям.</div>
<?endif?>
</div>
<script type="text/javascript">
timer_num = 60; // Число задержки в секундах
function timer_fc(){
if(timer_num>0){
$('#timer_num').text(timer_num);
timer_num--;
setTimeout("timer_fc()", 1000)
}else{
$('#timer_1').hide(); $('#timer_2').show();
}}
timer_fc();
</script>
</div>